如来寺は、元々1441年、嘉吉の乱の後焼失した神岡郷(現たつの市神岡町) 大義寺の本尊「阿弥陀如来像」が兵火を逃れ当山の開基である『賢正上人』に 託されたことに始まり、、1533年(天文2年)内山城主『塩津新左衛門』等によって 龍野の地に開かれた寺院である。 その後1672年(寛文12年)龍野藩藩主である脇坂家の菩提寺として、現在も 藩主・家中の位牌を安置している。